Việc lưu trữ hồ sơ hải quan là thực hiện theo Luật lưu trữ Nhà nước và các Nghị định, Thông tư hướng dẫn, theo đó tùy loại hồ sơ Hải quan mà có thời gian và hình thức lưu trữ khác nhau, do đó Doanh nghiệp cần phải thực hiện theo đúng quy định.
Khi được cơ quan hải quan kiểm tra sau thông quan, Doanh nghiệp cần cung cấp, xuất trình hồ sơ theo yêu cầu của Đoàn kiểm tra sau thông quan (tùy nội dung, phạm vi kiểm tra).