- Đối với việc cân đối khoản nguyên vật liệu thanh lý bị mất cân đối đã khai báo trên VNACCS: do Công ty đặt câu hỏi không rõ là có sai sót khi khai báo trên tờ khai nhập khẩu NVL hay có chênh lệch qua kiểm tra sau thông quan, tuy nhiên đối với các trường hợp phát hiện có sự chênh lệch cơ quan đều có Biên bản hoặc quyết định xử lý theo quy định, trường hợp này nếu công ty phát sinh vướng mắc đề nghị liên hệ trực tiếp cơ quan Hải quan nơi xử lý hồ sơ của Công ty để được giải thích cụ thể.
- Phương thức quản lý và khai báo chất thải sản xuất: theo quy định tại khoản 4 Điều 55 Thông tư số 38/2015/TT-BTC (và Thông tư số 39/2018/TT-BTC ngày 20/4/2018) thì tỷ lệ hao hụt nguyên liệu (chất thải sản xuất) do công ty chịu trách nhiệm về tính chính xác của tỷ lệ hao hụt (không quy định giới hạn 3%) và sử dụng định mức vào đúng mục đích gia công, sản xuất hàng hóa xuất khẩu; trường hợp vi phạm sẽ bị xử lý theo quy định của pháp luật.
- Kiểm tra sau thông quan (kiểm toán): do công ty không nêu rõ nội dung kiểm toán (kiểm tra sau thông quan) của 02 cơ quan Hải quan. Hiện nay đối với các trường hợp Kiểm tra sau thông quan ngành Hải quan có lập kế hoạch kiểm tra hàng năm và Tổng cục Hải quan sẽ phê duyệt trước khi thực hiện để tránh trùng lắp; Tuy nhiên bên cạnh kế hoạch kiểm tra sau thông quan đã được Tổng cục Hải quan phê duyệt hang năm nếu công ty thuộc các trường hợp theo khoản 1 Điều 59 và điểm b khoản 5 Điều 60 Thông tư 38/2015/TT-BTC thì cơ quan Hải quan sẽ tiếp tục thực hiện kiểm tra để đảm bảo đúng quy định.